Основната задача на магистърската програма по Компютърна химия е придобиването на знания и усвояването на професионални умения, съобразени със съвременните научни и индустриални стандарти при прилагането на компютърните методи в области като: откриване и дизайн на биологично активни съединения, теоретични химични изчисления, моделиране на физикохимични свойства и биологична активност, компютърно-базирано разкриване на структурите на неизвестни химични съединения, обработка на информацията получена от химичните анализи и др. Лекционните курсове и практическите упражнения ще формират задълбочени познания по химична информатика, статистика, QSAR моделиране, квантово-химични подходи, работа с химически бази данни. Компютърната химия се характеризира с две основни направления: химична информатика и изчислителна химия, а така също и разнообразна палитра от методологии, които професионално се разработват и въвеждат в тези направления. Базовите курсове от първия семестър покриват основополагащите елементи в двете направления. Посредством богат списък от избираеми дисциплини студентите ще имат възможност да задълбочат знанията и уменията си в определени специализирани области: химична информатика, изчислителна (квантова) химия, статистика, метрология и управление на качеството, програмиране на химически софтуер и други компютърни и ИТ направления. 

По време на упражненията, студентите от специалност "Компютърна химия" ще работят с висококачествен софтуер за компютърно моделиране в химията, разработен от известни научни групи и софтуерни компании, както и софтуер разработен в Химическия Факултет на ПУ. В практическите занятия и самостоятелните курсови работи студентите ще получават задачи свързани с научно-изследователски проекти, в които участват техните преподаватели и ще имат възможност да работят с професионални химични бази данни, мощни хардуерни изчислителни ресурси и реални данни от съвременни научни проекти.

С усвоения материал студентите ще имат отлично стартово ниво за своето професионално реализиране във фирми и агенции, където се изисква ефективна обработка на химична информация и патенти, в отделите за развитие и иновации (R&D) на фармацевтичните компании и фирми от химическата индустрия, в химични и биохимични лаборатории, където се прилагат съвременни методи за анализ и статистическа обработка на измерените резултати. Също така студентите, които задълбочат своите познания по информатика и програмиране, могат да продължат своята кариера в областта на ИТ технологиите, както и в частност, да работят в компании разработващи софтуер по химична информатика или биоинформатика.

Магистърската програма ще подготви студентите за бъдеща научноизследователска практика, а така също и за продължаване на обучението им в образователна и научна степен доктор.